Préfecture de l’Yonne. Affiche présentant la composition du ministère nommé par les décrets du 14 novembre 1881

Le fonds conservé à la bibliothèque Jacques Lacarrière correspond à une partie des archives de Paul Bert et de sa famille conservées au sein de la municipalité d'Auxerre. La bibliothèque conserve un fonds généraliste et varié, représentatif des différentes activités de Paul Bert (politiques, scientifiques, littéraires, etc.) et de sa vie privée, même si les activités politiques, et notamment celles relatives à l'instruction, sont les plus représentées. Une partie du fonds est également consacrée à sa disparition, sa mémoire et la postérité de ses travaux, à travers une documentation réunie par son épouse et ses descendants.

Le fonds, dans sa totalité, comprend des ouvrages, documents et archives qui ont appartenu à Paul Bert lui-même et, dans une moindre mesure, à ses ascendants, collatéraux ou descendants (familles Bert, Clayton, Chailley et Chailley-Bert). L'ensemble d'archives spécifiquement se compose entre autres de manuscrits, notes et papiers de travail, brochures, coupures de presse et numéros de périodiques, documents iconographiques, lettres et papiers personnels divers. Il comprend également 14 recueils factices posthumes, composés de documents manuscrits et imprimés.

En complément de l'ensemble d'archives cartalogué dans cet instrument de recherche, le fonds Paul Bert conservé à la bibliothèque Jacques Lacarrière comprend un ensemble de monographies et documents imprimés, recensés dans le Catalogue des médiathèques d'Auxerre :  voir le catalogue en ligne (cotes BER 001 à 227 et BER Mel).

En outre, plusieurs autres organismes, à Auxerre et en France, conservent des fonds ou collections Paul Bert. Les Archives municipales d'Auxerre conservent notamment plusieurs fonds Paul Bert :  voir les inventaires en ligne. Le Muséum d'histoire naturelle d'Auxerre conserve un fonds Paul Bert à dominante scientifique.