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La bibliothèque de Chambéry a été fondée grâce au legs de l’abbé Amédée Philibert de Mellarède (1682-1780). La bibliothèque s’est ensuite enrichie par différentes entrées, tels le riche fonds du collège des Jésuites, le legs des avocats Pillet et Guy, de l’astronome Marcoz, du docteur Rey, du général Bataillard et du baron Garriod. Ces entrées au sein de la bibliothèque constituent le fonds dit ‘Perpéchon’, appelé ainsi en hommage à Félix Perpéchon (1862-1913), qui a publié le catalogue de la collection en 1901. Membre de la Société Savoisienne d’Histoire et d’Archéologie le 4 juin 1893, il est nommé la même année conservateur de la bibliothèque publique de la Ville de Chambéry. 

« M. Perpéchon, sous-secrétaire aux Hospices, a été nommé par M. le Maire de Chambéry, bibliothécaire au Musée-Bibliothèque de notre Ville. M. Perpéchon est un homme aimable et instruit et qui remplira certainement d’une façon irréprochable les délicates fonctions qui lui sont confiées » (Le Patriote, 1893).

A l’extrême fin du XIXe siècle, la bibliothèque est gérée, comme ailleurs en France, par un comité d’achat des livres et de surveillance. Jusqu’en 1894, un unique bibliothécaire est attaché à l’établissement. Félix Perpéchon (1862-19..), bibliothécaire-archiviste de la ville de 1893 à 1913, est le premier à être secondé, avec comme objectif principal d’inventorier tous les livres acquis depuis 1846. Francisque Bonnet est son sous-bibliothécaire en 1894 puis Antoine Neyret lui succède en 1895. 

Félix Perpéchon marque durablement son passage par l’élaboration d’un nouveau catalogue, achevé en 1901 : Catalogue des imprimés et manuscrits de la Bibliothèque Municipale. Ce catalogue recense au tout début du XXe siècle, 155 manuscrits, dont l’inestimable ouvrage de la bibliothèque : le Bréviaire de Marie de Savoie (vers 1430).

Pendant longtemps, le manuscrit a été connu sous le nom de Bréviaire d'Amédée VIII, duc de Savoie et père de Marie, du fait d’une première identification maladroite du destinataire de l’ouvrage liturgique. Ainsi, le bréviaire est attribué à Amédée VIII (1383-1451) dans le Catalogue Général et le Catalogue des imprimés et manuscrits de 1901 de Perpéchon. Cette entreprise de description du bibliothécaire fait suite aux grands travaux de recensement entrepris lors de la monarchie de Juillet, sous l’impulsion de François Guizot (1787-1874), ministre de l’Instruction publique. Il fait publier une circulaire en 1833 qui enjoint les bibliothèques à fournir un catalogue de leurs manuscrits, avant de soumettre au roi Louis-Philippe (1773-1850) l'ordonnance de 1841 qui prévoit la publication de ces catalogues aux frais du ministère. Ce projet national est relancé en 1880, à l’initiative de Léopold Delisle (1826-1910), administrateur de la Bibliothèque nationale, qui a travaillé activement pour une description plus normalisée des catalogues.

Cet instrument de recherche a été initié par le versement du tome XXI du catalogue général, imprimé en 1893 : Catalogue général des manuscrits des bibliothèques publiques de France : Départements. Tome XXI, Chaumont, Langres, Arbois, Lons-Le-Saunier, Poligny, Saint-Claude, Sainte-Menehould, Toul, Nogent-sur-Seine, Remiremont, Lunéville, Louhans, Chambéry, Annecy, Rochefort, Saint-Etienne, Pamiers, Confolens, Constantine, Châteaudun, Cognac, Montbrison, Roanne, Saint-Bonnet-le-Château, Vienne / Ministère de l'instruction publique et des beaux-arts, Paris.

En 1993, naît un projet de catalogage des manuscrits médiévaux de Chambéry. Il fait suite au Catalogue Général en 1893 et à son Supplément en 1903. Ce projet est à l'initiative d'Anne Ritz, historienne de l’art du Moyen Âge, qui a effectué sa thèse de doctorat sur le Bréviaire de Marie de Savoie. À la suite d’un dépouillement exhaustif des fonds de Chambéry, elle a sollicité le soutien de l'Institut de recherche et d'histoire des textes. Le dernier catalogage a été jugé « sommaire » au moment de l’enquête préparatoire, l’étude des enluminures obsolète. Anne Ritz et Caroline Heid-Guillaume, conservateur à la bibliothèque de Chambéry, ont ainsi établi un catalogue approfondi des quarante manuscrits médiévaux, étudiés autant du point de vue technique (archéologie du manuscrit), que du point de vue artistique ou historique (étude des provenances et remise en contexte des manuscrits). 

La collection de manuscrits du fonds historique de la Bibliothèque municipale de Chambéry comporte donc plusieurs provenances, ainsi que des documents de différentes époques ; soit une production très riche et polyglotte (français, latin, italien) qui illustre les relations étroites entre la Savoie et ses voisins européens et garde traces sur plusieurs siècles de personnalités ayant participé à la vie du territoire savoyard. 

Pour le Moyen Âge, la bibliothèque compte dans ses collections l'un des joyaux de l'enluminure occidentale médiévale : le Breviarium franciscanum, dit Bréviaire de Marie de Savoie (MSS C 4). Témoin de l'art milanais de l’enluminure du XVe siècle, ce célèbre manuscrit proclame la magnificence des Visconti et l'apogée de la maison de Savoie au temps d'Amédée VIII. Lorsque les ducs de Savoie s'installent à Turin, ils emportent avec eux leur riche bibliothèque et ne laissent à Chambéry que ce bréviaire, ainsi qu'un missel offert au duc Amédée IX par les moines de l'abbaye clunisienne Saint-Maieul de Pavie (MSS B 7). Aussi, particulièrement choyé, exposé régulièrement à Chambéry, et ailleurs à l'occasion de grandes manifestations internationales sur l'art italien ou la maison de Savoie, le Bréviaire de la duchesse Marie a-t-il quelque peu éclipsé les autres manuscrits médiévaux conservés à la Bibliothèque municipale.

Des trésors insoupçonnés produits en France, en Italie, en Angleterre, en Suisse et en Allemagne, entre le XIe et le début du XVIe siècle, sont ainsi restés oubliés sur les rayonnages. Parmi eux, se trouvent un petit livre d'heures peint par Maître François, illustre enlumineur parisien du XVe siècle (MSS A 1), une Bible cartusienne du XIIe siècle en quatre volumes (MSS C 34-37), ou encore l'un des premiers Décrets de Gratien enluminés de la fin du XIIe siècle (MSS C 13).

Caroline Heid-Guillaume et Anne Ritz évoque la versatilité et la représentativité de ce fonds d’exception : « Les collections de la ville de Chambéry, […] ont l'avantage de montrer un échantillon assez large de ce qui pouvait exister comme ouvrages au Moyen Âge, que ce soit l'Écriture sainte, les livres de prière tels le livre d'heures, le psautier, le missel ou le bréviaire, ou les manuels de théologie, d'auteurs anciens, de droit, ou de médecine. Seuls les manuscrits en langue vulgaire sont absents. Point de Lancelot, ni de chronique..., tout au plus des recettes médicales en italien (MSS A 106), et quelques vers en français de Jacques d'Amiens à propos de l'amour, copiés par un étudiant sur des feuillets laissés blancs entre deux textes d'Aristote (MSS C 27) ».

La grande proportion de manuscrits à caractère théologique s’explique par l’histoire de la collection. Une partie de ce fonds provient du couvent des Dominicains de Chambéry. Sont recensés quinze manuscrits possédant un ex-libris du couvent (XVIe-XVIIIe siècle), dont sept ont une cote alphabétique à l’encre noire datée de la même époque et six autres possèdent la cote mais sans ex-libris. Les Dominicains s’installent à Chambéry en 1418, et ont progressivement constitué leur bibliothèque, en faisant nécessairement appel aux ateliers locaux (MSS B 15) ou en achetant des manuscrits d'origines diverses, tel que la Regula pastoralis de Grégoire le Grand, manuscrit toscan du XIe siècle (MSS B 10), ou le Dictionnarium pauperum de Nicolas de Byard fait à Paris au XIVe siècle (MSS A 14). Quelquefois le manuscrit rejoint la bibliothèque par l'intermédiaire d’un confrère, à l’image des Sermons de saint Bernard, provenant du couvent de Dijon (MSS A 24).

La collection de manuscrits du fonds historique de la Bibliothèque municipale de Chambéry, se compose également de nombreux manuscrits produits entre le XVIe et le XIXe siècle. Parmi lesquels les genres et les typologies matérielles sont assez divers. Se trouvent notamment des manuscrits relatifs à l'éducation et la recherche, Cursus philosophicus juxta philosophiam Aristotelis par Marc Peyssard (XVIIIe s.) (MSS A 53) et Histoire universelle par L.-M. Lavoine (XIXe s.) (MSS A 105), deux documents provenant de la bibliothèque du Collège des Jésuites. 

Ce collège est créé en 1564, puis, sous la diversification du corps professoral qui accueille des laïques et « hommes recommandables », il change de nom en 1792 pour devenir le Collège National puis École centrale. C'est en novembre 1815, que le Collège royal ouvre à nouveau ses portes, quelques jours avant la récupération de la Savoie par le roi de Sardaigne, Charles-Albert (1798-1849). Le décret du 2 mars 1848 change à nouveau la donne, en effet, le roi Charles-Albert décide d'expulser les jésuites de son royaume. Le Collège royal est donc repris par la ville de Chambéry et change à nouveau de nom pour Collège national. Le 22 avril 1860 signe le rattachement de la Savoie à la France et un nouveau changement de nom pour le Collège, qui suit les directives sur l'éducation française en place à ce moment-là, pour devenir le Lycée Impérial de Chambéry, à peine quelques mois plus tard, le 13 juin 1860. Suite à la chute de Napoléon III, le Lycée devient le Lycée national en 1870.

Le fonds possède également des documents juridiques issus de la Chancellerie du duché de Savoie, avec la Lettre de noblesse décernées à François Jordain par Emmanuel-Philibert, duc de Savoie (février 1564-1565) (MSS A 102), dans laquelle François Jordain, un bourgeois de Chambéry, se fait remarquer pour la « dextérité » dont il a usé à la tête des finances afin de soutenir la guerre destinée à réprimer la rébellion des vaudois de la haute vallée de l'Angrogne.